自動化專業是合肥學院先進制造工程學院自動化系開設的專業，自動化專業是合肥學院的傳統專業，招生歷史悠久，以自動控制理論為基礎，以電子技術、計算機信息技術、傳感器與檢測技術等為主要技術手段，對各種自動化裝置和系統實施控制，形成了人才培養與市場需求相結合的富有特色的應用型人才培養模式，獲教育部首批實施“卓越工程師教育培養計劃”專業、省專業綜合改革試點專業，于2019年獲批安徽省一流本科專業建設點。目前自動化專業擁有專任教師20名，其中教授5名，擁有博士學位者15名。教學科研素質高、能力強、結構合理。

自動化專業教學條件優越，建成電機與拖動實驗室、電力電子技術實驗室、系統仿真實驗室、自動控制原理實驗室、運動控制實驗室、檢測與儀表實驗室、PLC實驗室、電氣控制實驗室、工廠供電實驗室、PCB制版與檢測中心、SMT工程實訓中心等專業實驗室，與合肥陽光電源股份有限公司、安徽省電力設計院、安徽省電力科學研究院、許繼集團有限公司、惠而浦（中國）股份有限公司等多家企事業單位建立了良好的產學共建關系；這些可以為本專業學生提供得天獨厚的實習與實訓條件。