2003年6月，合肥聯合大學、合肥教育學院、合肥師范學校三校合并成立合肥學院后，設立社會科學與管理系，內設歷史、馬克思主義哲學、鄧小平理論、思想道德修養、法律基礎等教研室，負責全院“兩課”教育教學工作。2004年8月，成立基礎教學部，內設“兩課”教研室，后改為思想政治理論課教研室，包括思想道德修養與法律基礎、中國近現代史綱要、馬克思主義基本原理概論、毛澤東思想和中國特色社會主義理論體系概論4個課程組，負責全院思想政治理論課教育教學工作。2011年3月，成立獨立的“思想政治理論課教學部”，下設思想道德修養與法律基礎、馬克思主義基本原理概論、中國近現代史綱要、毛澤東思想和中國特色社會主義理論體系概論、當代世界經濟與政治和形勢與政策5個教研室，負責全院思想政治理論課教育教學工作。2016年11月，思想政治理論課教學部更名馬克思主義學院。現設有思想道德與法治、中國近現代史綱要、馬克思主義基本原理、毛澤東思想和中國特色社會主義理論體系概論、習近平新時代中國特色社會主義思想概論、形勢與政策、研究生思政課教研室7個教研室，負責全校思想政治理論課教育教學工作。
馬克思主義學院現有教師53人，其中安徽省委講師團高端宣講專家和安徽省社科名家大巡講專家2人，省級教壇新秀3人，省級網絡教育名師1人。馬克思主義學院設有安徽省中國特色社會主義理論體系研究中心合肥大學研究基地和合肥黨史研究基地，是全國“數字馬院”教學聯盟理事單位。
近年來，馬克思主義學院思想政治理論課教師主持承擔國家社科基金項目、教育部規劃項目、安徽省社科規劃項目和安徽省人文社科重點項目等科研教研項目100多項，在馬克思主義理論、思想政治教育、中國哲學、法學等學科領域發表論文200多篇，出版專著10多部，獲得國家級、省級教學科研成果獎多項。